Proses Ekstraksi DNA Ikan Lais (Kryptopterus sp) dalam Metode DNA barcoding

Ikan Lais tersebar di perairan Eropa hingga Asia. Di Indonesia ikan Lais tersebar di Sumatera dan Kalimantan. Lebih dari 32 spesies ikan Lais telah teridentifikasi. Spesies ikan di Pulau Bangka sangat beragam. Keberagaman inilah yang mengharuskan para pakar dan peneliti melakukan identifikasi ikan yang tersebar di suatu perairan. Jumlah peneliti dan spesies ikan sangat jauh berbeda dan terbatas. Keterbatasan inilah yang akhirnya menemukan ide identifikasi ikan melalu DNA barcoding.

DNA barcoding adalah teknik atau metode yang dirancang untuk identifikasi spesies dengan cepat dan hasil akurat menggunakan gen pendek. DNA barcoding menggunakan gen Sitokrom C Oksidasi Subunit I (COI) atau biasa dikenal DNA mitokondria, tujuannya untuk mengetahui kekerabatan spesies yang di identifikasi. Pada level nukleotida, COI memiliki kelebihan yaitu universal primer gen ini sangat efektif dan memiliki kegunaan luas untuk mengetahui filogeni dibandingkan mitokondria gen lainnya (Syaifudin, M et al., 2021).

Sampel Identifikasi DNA barcoding dapat berupa ikan yang masih hidup ataupun ikan yang sudah di awetkan menggunakan alkohol 70%. DNA yang diambil yaitu dibagian sirip atau alat gerak ikan karena dibagian ini memilki energi yang lebih besar dibandingkan organ tubuh lainnya. DNA yang sudah diambil akan dihancurkan dengan bantuan enzim. Tahapan di DNA barcoding dibagi menjadi 2 yaitu proses ekstraksi dan pcr. Pengujian kali ini yaitu proses ekstraksi DNA pada ikan Lais.

Ekstraksi DNA adalah proses atau kegiatan utama dalam melakukan identifikasi DNA barcoding yang berbasis molekuler. Tujuan dari ekstraksi DNA yaitu menghancurkan jaringan tubuh untuk mendapatkan DNA murni yang tidak terkontaminasi oleh komponen sel (protein, karbohidrat,lemak dll) tanpa menyebabkan kerusakan pada DNA tersebut. Jika terkontaminasi oleh komponen dan senyawa metabolit sekunder akan menghambat kerja enzim polymerase pada kegiatan PCR selanjutnya. Umumnya, proses ekstraksi DNA terdiri dari 3 tahapan yaitu pertama lisis atau tahap penghancuran sel jaringan menggunakan nitrogen cair atau buffer ekstraksi. Kedua tahap eliminasi senyawa kontaminan dengan menggunakan pelarut organik. Ketiga yaitu tahap presipitasi DNA dengan etanol dan isopropanol. Seluruh proses ini tentunya memaka waktu terlebih saat tahapan inkubasi sampel selama tahap presipitasi

Oleh: Ipung Hidayat, Andi Kurniawan, Mailidia Wati, Nindya