Analisis DNA mitokondria ikan lais menggunakan metode Random Amplified Polymorphism (RAPD)

Ikan lais adalah salah satu jenis ikan yang dapat ditemukan di perairan sekitar pulau Bangka. Pulau Bangka sendiri terletak di Provinsi Kepulauan Bangka Belitung, Indonesia. Ikan lais memiliki nama ilmiah Kryptopterus sp. Dan termasuk dalam famili Siluridae.

Ikan lais memiliki tubuh yang ramping dan memanjang dengan tubuh ikan berwarna putih, merah, kuning, dan jingga. Ikan lais juga memiliki gigi-gigi kecil yang tajam. Ukuran ikan lais sangat bervariasi. Untuk memahami keragaman genetik dan hubungan evolusioner antara populasi ikan lais, analisis DNA mitokondria telah dilakukan.

DNA mitokondria adalah materi genetik yang terdapat di dalam mitokondria, organel sel yang bertanggung jawab untuk menghasilkan energi dalam bentuk ATP. Analisis DNA mitokondria telah menjadi alat yang penting dalam studi evolusi dan taksonomi, termasuk dalam penelitian tentang spesies ikan lais.

Metode yang umum digunakan dalam analisis DNA mitokondria pada spesies ikan lais adalah dengan menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) untuk mengamplifikasi fragmen DNA mitokondria tertentu. Fragmen DNA ini kemudian dapat dianalisis menggunakan metode sekuensing DNA untuk menentukan urutan nukleotida yang terkandung di dalamnya.

Analisis DNA mitokondria pada spesies ikan lais menggunakan metode Random Amplified Polymorphism (RAPD) adalah teknik molekuler yang digunakan untuk mempelajari variasi genetik dalam populasi ikan lais. DNA mitokondria dipilih sebagai target analisis karena memiliki beberapa keunggulan, seperti jumlah salinan yang tinggi dalam sel, tingkat mutasi yang lebih tinggi dibandingkan dengan DNA inti, dan tidak adanya rekombinasi.

Metode RAPD adalah teknik amplifikasi DNA yang tidak memerlukan pengetahuan sekuens spesifik dari target DNA. Teknik ini didasarkan pada penggunaan primer acak pendek yang mengamplifikasi fragmen DNA secara acak di seluruh genom. RAPD memanfaatkan variasi dalam urutan primer pendek antara individu untuk menghasilkan polimorfisme genetik. Dalam konteks analisis DNA mitokondria pada ikan lais, metode RAPD dapat digunakan untuk mengidentifikasi variasi genetik antara individu-individu dalam populasi, mengevaluasi struktur populasi, dan mengungkap hubungan filogenetik antara spesies ikan lais.

Proses analisis dimulai dengan isolasi DNA mitokondria dari sampel jaringan ikan lais. Sampel jaringan dapat berupa sirip, otot, atau organ lainnya. Setelah isolasi DNA mitokondria, dilakukan amplifikasi menggunakan primer acak pendek yang akan menghasilkan fragmen fragmen DNA yang panjangnya bervariasi. Fragmen-fragmen DNA ini kemudian dipisahkan menggunakan elektroforesis agarose atau poliakrilamida dan visualisasi menggunakan pewarnaan DNA.

Hasil elektroforesis akan menghasilkan pola pita-pita DNA yang unik untuk setiap individu. Pola pita-pita ini kemudian dianalisis menggunakan metode statistik untuk mengidentifikasi polimorfisme genetik antara individu-individu dalam populasi ikan lais. Analisis ini dapat melibatkan penggunaan perangkat lunak khusus yang memungkinkan perbandingan pola pita DNA dan penghitungan indeks keanekaragaman genetik.

Melalui analisis DNA mitokondria menggunakan metode RAPD, kita dapat memperoleh informasi tentang variasi genetik dalam populasi ikan lais. Informasi ini dapat digunakan untuk berbagai tujuan, seperti pemetaan populasi, identifikasi spesies, penelitian filogenetik, dan pemahaman tentang evolusi ikan lais.

by: Agita Piranti