PROSES EKSTRAKSI DNA BARCODING UNTUK IDENTIFIKASI IKAN SELUANG (Rasbora Bankanesis) ASAL PULAU BANGKA

Rasbora Bankanensis merupakan ikan lokal yang berpotensi menjadi spesies dominan Kepulauan Bangka Belitung sebagai ikan hias. Rasbora Bankanensis mempunyai morfologi yang mirip dengan ikan Kenancat atau Seluang Bangka, salah satu jenis ikan yang berasal dari Sungai yang ada di Desa Buyan Kelumbi, Kecamatan Tempilang, Kabupaten Bangka Barat, Provinsi Kepulauan Bangka Belitung. Ikan ini dapat mencapai panjang 6 cm. Ia hidup di air dawar daerah beriklim tropis. Dijumpai di Indonesia. Ia hidup di sungai-sungai di hutan dan seringkali dijumpai di rawa-rawa di daerah yang terpencil. Diketahui ia dapat hidup di suhu 22-27 °C. Ikan ini berasal dari Bangka, ia juga disebut dengan nama Rasbora Bankanesis. Karena ikan ini memiliki warna yang cantik dan memantulkan cahaya seperti rona pelangi ia juga dijadikan sebagai ikan hias. Dalam hal upaya ini untuk lebih memahami spesies ikan tersebut dan menjaga memulai proyek ekstraksi DNA barcoding. DNA Barcoding adalah suatu teknik identifikasi spesies, aplikasinya mirip dengan teknologi pemindaian barcode pada produk komersial.  Ekstraksi DNA adalah proses pemisahan DNA dari komponen sel lainnya seperti protein, karbohidrat, lemak, dan lain-lain. Ekstrasi DNA terdiri dari 3 tahap utama yakni lisis, pemisahan DNA dari komponen lain, dan pemurnian DNA (Corkill dan Rapley 2008). Dalam hal ini, Rasbora Bankanesis dari Pulau Bangka menjadi subjek utama penelitian yang akan diisolasikan dan dianalisiskan untuk mengetahui ragam genetik yang ada didalam ikan itu, dengan data DNA yang jelas peneliti dapat mengidentifikasi spesies Rasbora Bankanesis secara akurat dalam situasi dimana apakah spesies ini mirip dengan spesies yang lain.

Secara umum, ekstraksi DNA memiliki  beberapa tahapan yaitu: 1) tahap penghancuran jaringan tanaman menggunakan nitrogen cair atau bufer ekstraksi, 2) tahap eliminasi senyawa kontaminan menggunakan pelarut organik seperti fenol, kloroform, dan isoamil alkohol, serta 3) tahap presipitasi DNA menggunakan etanol atau isopropanol. Tahapan tersebut cenderung memakan waktu khususnya pada saat inkubasi sampel selama tahap presipitasi. Saat ini sudah banyak kit ekstraksi DNA komersial yang beredar di pasaran, akan tetapi menurut perhitungan biaya ekstraksi per sampel menjadi lebih mahal (Ahmed et al. 2009). Oleh karena itu perlu dilakukan penelitian untuk memperoleh metode ekstraksi DNA yang relatif cepat dan biaya yang terjangkau. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode ekstraksi DNA tanaman yang dapat digunakan untuk kegiatan PCR tanpa melalui tahapan presipitasi etanol.

Dalam konteks proses ekstraksi DNA, “sampah” bukan berarti kondisi fisik atau berat badan, melainkan penggunaan bahan atau reagen yang tidak efisien. Ekstraksi DNA yang boros dapat berarti penggunaan reagen, waktu, atau sumber daya lain yang berlebihan atau tidakperlu selama proses ekstraksi. Tujuan ekstraksi DNA adalah untuk mendapatkan DNA yang jelas, akurat dan berkualitas dengan menggunakan bahan dan sumber daya yang efisien. Oleh karena itu, penting untuk menghindari pemborosan dalam isolasi DNA agar prosesnya lebih efisien dan ekonomis. Setelah kita uji dan kita ekstrasi DNA barcodingnya kita bisa mengetahui tentang apakah spesies in mirip dengan spesies yang lain.

Penulis : Reza